Фамилия Пересыпко звучит так, словно в ней спрятано какое-то действие или процесс. И это ощущение не обманывает: её основа — глагол «пересыпать». В русском языке слово «пересыпка» (или «пересып») означало либо само действие — пересыпание чего-то из одной ёмкости в другую, либо то, что пересыпано, например, лишний слой зерна. Однако в фамилиях редко встречаются прямые названия действий, поэтому за основой стоит прозвище человека.

Скорее всего, Пересыпкой в старину называли человека, который занимался пересыпкой зерна или муки — работника на мельнице, амбаре или пристани, где грузили и перевешивали сыпучие грузы. Такая профессия была востребована в хлебородных регионах, особенно на юге России и Украины, где фамилия встречается чаще всего. Возможен и другой, бытовой вариант: так могли прозвать запасливого хозяина, который постоянно что-то пересыпал по сусекам, или же человека, который говорил сбивчиво, «пересыпал» слова.

Фамилию сформировал украинский суффикс -ко, который в XVI–XVIII веках активно использовался для образования фамилий в казацкой среде и среди крестьянства. Он придаёт слову оттенок принадлежности или уменьшительности: Пересыпко — буквально «сын или потомок Пересыпки». В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, модель на -ко не указывает напрямую на отчество, а скорее закрепляет прозвище как родовое имя. В документах XVII–XVIII веков можно встретить формы Пересыпка, Пересыпенко, Пересыпкин — все они однокоренные, но Пересыпко закрепилась именно в левобережной Украине и на Кубани.

Спорных версий происхождения немного. Иногда фамилию пытаются связать с топонимом Пересыпь (например, село Пересыпкино), но это вторично: села обычно называли по фамилии первопоселенцев, а не наоборот. Также встречается гипотеза о связи с «пересыпью» в значении «песчаная коса» (насыпь), но для прозвища человека это маловероятно — фамилии от географических терминов обычно образуются с суффиксом -ский (Пересыпский).

Таким образом, предки современных Пересыпко — трудовые люди, занятые в сельском хозяйстве или торговле зерном. Фамилия недворянская, не книжная, а чисто народная, и её носитель может с полным правом считать, что его род происходил из среды работящих, хозяйственных крестьян или казаков южнорусских земель.