Фамилия Перхунов — яркий пример того, как русская фамилия может хранить в себе не только имя предка, но и его характер или профессию. В основе лежит прозвище Перхун. В русских говорах «перхать» означало кашлять, откашливаться, хрипеть. Соответственно, Перхуном в старину называли человека с хриплым голосом, того, кто постоянно покашливал или сильно и громко кашлял. Суффикс -ун в прозвищах указывает на деятеля по характерному действию (ср. говорун, бегун, крикун). Фамилия образовалась по стандартной патронимической модели: Перхун → сын Перхуна → Перхунов, то есть «принадлежащий Перхуну».

Менее вероятна, но возможна связь с некалендарным именем Перхун, которое могли дать ребенку в качестве оберега от болезней дыхательных путей. В народной магии считалось, что если назвать сына именем, связанным с недугом, то болезнь обойдет его стороной. Однако более правдоподобно, что прозвище закрепилось за взрослым человеком с характерной физической особенностью.

Географически фамилия Перхунов тяготеет к северным и центральным регионам России, особенно к бывшим Вятской и Пермской губерниям, где слово «перхать» было особенно распространено. Там же встречаются однокоренные фамилии Перхин, Перхуров, Перхов. В отличие от фамилий на -ин, которые часто образованы от основ на -а/-я, Перхунов четко указывает на основу мужского рода с суффиксом -ун, что делает её словообразовательно прозрачной.

Социальный состав носителей фамилии — в основном крестьяне и посадские люди. Прозвище не несло негативного оттенка в смысле ругательства, а было бытовым, описательным, как многие другие (Хрипунов, Шептунов, Зевака). В документах XVII–XVIII веков упоминания о Перхуновых встречаются среди вятских крестьян и ямщиков. Таким образом, ваш предок, скорее всего, был простым человеком, которого окружающие запомнили по его голосу — хриплому или кашляющему.