Фамилия Перлоухова — редкий случай, когда основа почти наверняка указывает на физическую особенность, но вот какую именно — вопрос. В отличие от большинства фамилий на -ов/-ев, образованных от полных крестильных имён (Петров, Иванов), здесь мы видим прозвище. Перлоухий — человек с «перловыми ушами». Слово «перло» в русских говорах имело два значения: жемчуг (от немецкого Perle) и, что важнее для нашей фамилии, — неровность, бугорок, шишка. Второе значение зафиксировано в словаре Даля: «перло» — это жемчуг, но в переносном смысле так могли назвать любой округлый нарост. Скорее всего, прозвище Перлоух дали человеку с необычной формой ушной раковины — например, с утолщением, хрящевым наростом или деформацией, напоминающей жемчужину. Не исключён и чисто ироничный вариант: «перловый» в значении «жемчужный» — то есть красивые, аккуратные уши, но для прозвищ такое комплиментарное значение менее характерно.

Модель образования — суффикс -ов (в женском роде -ова) от прозвища на -ух (Перлоух). Это типичная патронимическая модель: «чей сын?» — Перлоухов. Фамилия не дворянская и не семинарская, а крестьянская или посадская. Ударение, скорее всего, на последнем слоге: Перлоухо́ва, хотя в бытовой речи возможны варианты.

Географически фамилия привязана к северным и центральным русским говорам, где слово «перло» в значении «шишка, желвак» было в ходу. Встречается она крайне редко — в современных базах данных носителей единицы, и почти все они из Архангельской области и Поморья. Это косвенно подтверждает версию с «наростом»: в северных диалектах «перло» употребляли именно в этом смысле, а не как «жемчуг».

Любопытно, что фамилия не перешла в более привычную форму «Перлов» или «Перловский». Это говорит о том, что прозвище было устойчивым и передавалось именно в полной форме, без сокращения. Если бы основа была связана с крупой (перловая каша), фамилия звучала бы иначе — скорее, Перлов. Так что связь с жемчугом или крупой, которую иногда приписывают фамилии из-за созвучия, — ложный след. Речь именно о прозвище по внешности.