Фамилия Пернунин — редкая и неочевидная. На первый взгляд в ней слышится что-то нерусское, но словообразовательная модель указывает на обратное: суффикс -ин традиционно образует русские фамилии от основ, оканчивающихся на -а или -я. Значит, в основе лежит прозвище или имя Пернун, Пернуна. Что оно могло означать — вопрос, вокруг которого и строится вся история фамилии.

Самый прямой путь — от глагола «пернуть» (просторечный синоним «пукнуть»). В древнерусской и диалектной среде прозвища по физиологическим особенностям или привычкам давали без стеснения: Пердун, Пердунья, Сопля, Блоха — всё это фиксируется в исторических документах. Форма Пернун (с утратой -д-) могла возникнуть в говорах, где сочетание «рд» упрощалось, или как эвфемистический, смягчённый вариант. Соответственно, Пернунин — «сын Пернуна», то есть потомок человека, получившего такое неблаговидное, но бытовое прозвище. Версия грубоватая, зато лингвистически прозрачная.

Вторая гипотеза — связь с диалектным словом «пернун» в значении «упрямец», «несговорчивый человек». В некоторых северных и уральских говорах «пернуть» означало «упереться», «не поддаваться». Если это так, то прозвище носило характерный оттенок — не столько насмешка, сколько констатация тяжёлого нрава. Такое толкование менее известно, но для носителя фамилии звучит достойнее, хотя доказать его сложнее: письменных свидетельств почти нет.

Третья версия — искусственная или книжная. В XIX веке при записи фамилий в церковных книгах писарь мог переделать более грубую форму (например, Пердунин) в благообразную Пернунин, заменив сомнительную часть корня. Подобные «облагораживания» встречались сплошь и рядом: Соплин превращали в Сопельников, а Засрацких — в Загорских. Если в метриках ваших предков встречаются варианты с -д- в корне, это почти наверняка объясняет происхождение.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку России. В современных базах Пернунины встречаются в Кировской области, Пермском крае, Удмуртии — регионах, где сохранялись архаичные говоры и прозвищные фамилии не проходили жёсткую цензуру при записи. В центральных губерниях она почти не фиксируется.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Пердунов, Пердуненко, Пёрнухин — показывает, что все они восходят к одному корню, но Пернунин стоит особняком из-за утраты звонкого согласного. Это не описка, а диалектная черта: в некоторых говорах «пердун» и «пернун» звучали как равноправные варианты. Так что предки носителя фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми из северных или вятских земель, и прозвище им дали не за злой нрав, а за бытовую привычку — или за упрямство, если принимать вторую версию.