Фамилия Перняк — редкий случай, когда основа почти наверняка не славянская, а финно-угорская. Если смотреть на суффикс -як, то он характерен для украинских и белорусских фамилий (Гончар — Гончарук — Гончаренко, Дуб — Дубняк). Но в паре с корнем «перн» такая модель даёт сбой: в славянских языках нет слова «перн» в значении, из которого можно сделать прозвище.

Гораздо логичнее предположить, что Перняк — это выходец из коми-пермяцкого этноса или человек, живший в Пермском крае. В местных говорах и языках коми слово «перна» означает «крест» (нательный или нательный крестик). Отсюда «Перняк» — тот, кто носит крест, то есть крещёный человек, христианин. В XVI–XVII веках, когда шло активное освоение Прикамья и крещение местного населения, такое прозвище могли дать новокрещёному коми-пермяку или русскому, который жил среди них и перенял быт. Фамилия закрепилась именно в этой форме, а не в виде «Пермяков» или «Пермитинов», что указывает на её прямое, не через отчество, происхождение.

Вторая версия, менее вероятная, — от прозвища «Перня» из диалектного глагола «пернуть» (ударить, толкнуть). В этом случае Перняк — человек с сильным ударом, драчун. Но для фамилии, зафиксированной на севере и в Приуралье, этническая или географическая версия куда весомее.

Географически фамилия встречается не в самой Перми, а в Кировской области и в Удмуртии — как раз на стыке расселения коми-пермяков и русских. Носителей мало, фамилия редкая. В списках дворянства или купечества Перняки не значатся — скорее всего, это фамилия крестьянская или однодворческая, возникшая в среде свободных или государственных земледельцев.