Фамилия Перушин — редкий случай, когда основа, на первый взгляд, прозрачна, но на деле таит несколько разных путей происхождения. Самое очевидное, что приходит в голову — связь с именем славянского бога Перуна. Однако в русской антропонимии фамилии напрямую от имени языческого божества почти не образовывались: это слишком поздняя и книжная модель. Гораздо вероятнее, что в основе лежит не бог, а мирское имя или прозвище Перуша.

Перуша — это уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Пётр (через народные варианты Перша, Перша). Суффикс -уш- типичен для русских обиходных имен: Петруша, Ванюша, Кирюша. Фамилия Перушин, таким образом, означает «сын Перуши», то есть потомок Петра. По той же модели образованы Першин, Петрушин, Петров. Географически фамилия встречается в центральных и северных областях России, где имя Пётр было особенно популярно, а форма «Перша» бытовала в диалектах.

Есть и вторая, менее распространенная версия. В некоторых говорах «перуша» могли называть человека с пышными, торчащими волосами или перьями — от слова «перо». Тогда прозвище Перуша мог получить либо птицелов, либо человек с необычной прической. Эта гипотеза слабее первой, так как суффикс -уш- в прозвищах от предметов встречается реже, чем в уменьшительных формах имен. Если опираться на частотность и типичные словообразовательные модели русского языка, версия с именем Пётр — основная и самая правдоподобная.

Фамилия фиксируется в переписных книгах XVII века, что говорит о её давней истории. В сословном плане Перушины — почти всегда крестьяне или посадские люди, никакого отношения к знати или духовенству они не имели. Суффикс -ин указывает на принадлежность к «малой» фамилии, образованной от прозвища отца, что характерно для непривилегированных слоев населения.