Фамилия Перушкова — женская форма фамилии Перушков. В основе лежит мужское прозвище Перушок, которое, скорее всего, образовано от слова «перо». Но прямой связи с птичьим пером тут может и не быть.

Самый вероятный вариант происхождения — профессиональный. Перушком в старину могли называть мастера, который обрабатывал перья для письма или подушек, либо торговца этим товаром. В писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются прозвища Перо и Перушка именно в значении «писарь» или «чинильщик перьев» — человек, который затачивал гусиные перья для приказных дьяков. Такая профессия была востребована и давала устойчивое прозвище.

Менее вероятная, но возможная версия — от уменьшительной формы имени Перфил (каноническое Перфирий). В народной речи имя Перфил сокращали до Перша, а от него могли образовать ласковую форму Перушка. Однако для этой версии нет прямых диалектных подтверждений, и фамилия с суффиксом -ов/-ев чаще образуется от прозвищ, чем от канонических имён.

Суффикс -ов в фамилии Перушков (а значит, и в Перушкова) указывает на типичную русскую модель: «чей?» — Перушков, то есть сын Перушка. По сословной принадлежности предки могли быть как крестьянами, так и посадскими ремесленниками — фамилия не несёт следов дворянского или духовного происхождения.

Географически фамилия редкая, встречается разрозненно. Её стоит искать в архивах центральных губерний России, где было развито делопроизводство на бумаге — там писарские прозвища были особенно распространены.