Фамилия Перышкова образована от прозвища или мирского имени Перышко. В основе лежит слово «перо» — в прямом значении (птичье перо) или переносном (нечто лёгкое, мелкое). Суффикс -к- в русских именованиях часто придавал уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный оттенок: Перышко — «маленькое перо» или «тот, кто с пером». Второй вариант ведёт к ремеслу: Перышком могли называть писаря, переписчика книг, дьяка или чиновника, работавшего с гусиными перьями. В допетровской Руси грамотных людей было немного, и прозвище по орудию труда — один из типичных путей возникновения фамилий.

Форма Перышкова — женская, мужской вариант Перышков. Модель на -ов/-ев указывает на принадлежность: «сын Перышка» или «из семьи Перышка». Фамилия не относится к самым распространённым, но встречается в центральных регионах России, особенно в бывших вотчинах и поместьях, где велась переписка и делопроизводство. В XIX веке носители фамилии фиксировались среди мещан и крестьян — вероятно, потомков тех самых писарей или ремесленников, работавших с пером.

Стоит учесть и редкую версию: в некоторых говорах «перышко» называли маленькую лодку-долблёнку или часть ткацкого станка. Если предок жил на реке или занимался ткачеством, прозвище могло возникнуть и оттуда. Но наиболее правдоподобным остаётся «писарский» след — он подтверждается обилием однокоренных фамилий (Перьев, Перов, Пёрышкин) в среде грамотного служилого люда.

В словаре Б. Унбегауна фамилии на -ов/-ев от названий птиц и их частей отмечены как распространённые, но Перышков/Перышкова к ним не причисляется — здесь именно уменьшительная форма от предмета, а не от птицы. Это отличает фамилию от, скажем, Соколова или Воробьёва: предок Перышковых не был похож на птицу, а работал с пером.