Фамилия Пешахонова — редкий случай, когда географическая основа, скорее всего, первична, а не личное имя или прозвище. В её основе лежит топоним Пеша или Пешахона, который указывает на выходцев с определённой территории. Самый вероятный источник — река Пеша в Архангельской области, впадающая в Белое море. На её берегах стоит старинное село Пеша, известное с XVI века как центр поморского рыболовства и солеварения. Жителей этих мест могли называть «пешаками» или «пешахонами», а человека оттуда — «Пешахонов», то есть «сын пешахона».

Суффикс -ов- типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ или названий местности, и указывает на принадлежность роду. Окончание -а — женская форма, принадлежащая, например, вдове или дочери. Мужской вариант — Пешахонов. Фамилия явно северного, поморского происхождения, что подтверждается и её редкостью: она практически не встречается за пределами Архангельской области и соседних регионов.

Менее убедительная версия связывает основу с тюркским словом «пеш» (пять) или иранским «пеша» (ремесло, профессия), но для этого нет ни исторических, ни географических оснований. Фамилия не фиксируется в южных или восточных регионах России, где такие корни были бы естественны. Поэтому версия с поморским селом Пеша остаётся основной: предки носительницы фамилии, скорее всего, были поморами — рыбаками, мореходами или солеварами с берегов Белого моря.