Фамилия Пестоновы образована от прозвища или нецерковного имени Пестон. Основа здесь — слово «пест», а суффикс -он- (в форме Пестон) мог выполнять ту же роль, что и в именах типа Селезень — Селезн-я, то есть выделять носителя по характерному признаку. Пест — это стержень для толчения чего-либо в ступе, орудие грубой и монотонной работы. Человек, получивший прозвище Пестон, мог быть коренастым, плотным, сбитым — по сходству с коротким тяжёлым предметом, — либо упрямым и «толкущим одно и то же». В любом случае прозвище уходило корнями в быт крестьянского или ремесленного двора.

Суффикс -ов в окончании указывает на типичную русскую патронимическую модель: Пестонов — «сын Пестона». Фамилия закрепилась в северных и центральных губерниях России, где диалектное слово «пест» было в ходу повсеместно. В писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются крестьяне с прозвищем Пестон, например, в новгородских и вологодских землях. Это позволяет предположить, что Пестоновы — потомки свободных или дворцовых крестьян, а не служилого сословия: фамилия не имеет дворянских окончаний на -ский или -инов, типичных для шляхты и приказных людей.

Интересная деталь: фамилия Пестоновы — редкий случай, когда суффикс -он- сохранился в основе в полной форме, а не редуцировался до Пестовы (от «пест» напрямую). Пестовы встречаются чаще, и их родство с Пестоновыми не прямое: Пестов происходит от прозвища Пест без увеличительного суффикса. А Пестонов — более «личная» форма, подчеркивающая конкретного человека, а не просто предмет. Если вы встретите Пестоновых в современных архивах, скорее всего, их предки жили на севере или северо-востоке России, где диалекты дольше хранили старые словообразовательные модели.