Фамилия Пестунов образована от прозвища Пестун. Скорее всего, оно восходит к нарицательному «пест» - «стержень для толчения или растирания чего-либо». Таким образом, оно относится к именованиям, данным по профессии человека. Согласно другой версии, в основе этого прозвища лежит глагол «пестовать» - «нянчить, носить, вынашивать на руках ребенка, воспитывать, растить, холить, ходить за ним». В таком случае Пестуном могли называть заботливого отца. Веселовского записаны: Прокош Пестун, крестьянин, 1495 г., Новгород; Дмитрий Федорович Пестов, 1550 г., Кашира; Пестуновы, 1540 г., вторая половина XVI в., Тверь, Коломна и Кашира. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пестун, со временем получил фамилию Пестунов.