Фамилия Петруня произошла от разговорной формы крестильного имени Пётр, которое в переводе с древнегреческого означает «камень». Это имя давали при крещении в честь апостола Петра, одного из самых почитаемых учеников Христа, которого сам Иисус назвал «камнем», на котором создаст церковь. На Руси имя Пётр быстро прижилось, а его уменьшительные и просторечные формы множились в каждой местности: Петруха, Петруша, Петруня. Последний вариант — это ласкательное, «домашнее» обращение, которое закреплялось за человеком в кругу семьи и соседей, а затем переходило к его детям уже как фамильное прозвище.

Модель образования здесь простая и показательная для восточнославянской ономастики. Суффикс -я в основе Петрун- выполнял роль уменьшительно-ласкательного форманта, а сама фамилия застыла в форме имени без дополнительного патронимического суффикса, как это часто случалось с прозвищами на украинских и белорусских землях. Если бы фамилию оформляли по великорусскому образцу, мы бы увидели Петрунин или Петруньев, но форма Петруня указывает на юго-западное, малороссийское или белорусское происхождение рода. Там прозвища нередко переходили в фамилии напрямую, без прибавления -ов или -ин.

Стоит отличать эту фамилию от однокоренных Петруненко, Петрунько или Петрункевич, где добавочные суффиксы указывают на сына или принадлежность к роду. Петруня же — более древний пласт, когда прозвище ещё не обросло дополнительными элементами. По сути, предок носителя этой фамилии был просто Петруней — так его звали домашние, и это имя-прозвище закрепилось за его потомками без изменений.

Встречается фамилия преимущественно в западных областях России, на Украине и в Беларуси, что подтверждает её региональное происхождение. В документах XVII–XVIII веков крестьяне и казаки с такими прозвищами часто фиксировались именно в черниговских, полтавских и гродненских землях. Среди носителей фамилии не было знатных дворянских родов — это фамилия простого люда, крестьян, мещан и казачества, что делает её особенно ценной для тех, кто ищет свои корни в народной среде.

Ономасиологический словарь Б. Унбегауна относит подобные образования к типичным украинско-белорусским фамилиям от канонических имён, и Петруня в этом ряду стоит рядом с Грицунем, Иванютей или Стецунем. Так что, если ваша фамилия Петруня, вы держите в руках прямой след того, как в вашей семье веками звучало имя вашего далёкого предка — обычного человека, которого звали в честь апостола-камня.