Фамилия Петунников образована от прозвища Петунник, которое восходит к слову «петун» — так во многих русских говорах называли петуха. Суффикс –ник в прозвище указывает на род занятий: Петунником могли прозвать того, кто разводил кур и петухов или ухаживал за птицей на барском дворе. Но не исключено и другое — прозвище могло закрепиться за задиристым или горделивым человеком, напоминавшим поведением петуха.

Слово «петун» — диалектный вариант общеславянского «петух», и в этом корне уже слышится глагол «петь». В говорах форма «петун» встречается реже литературной, поэтому фамилия Петунников несёт отпечаток местной речи — вероятнее всего, её носители происходят из северных или центральных губерний, где такая форма бытовала.

Сам суффикс –ник в русских прозвищах выполнял двойную работу: он мог обозначать человека по его занятию (как, например, охотник или плотник), а мог придавать слову характерное «одушевлённое» звучание, сближая носителя прозвища с тем, что названо в основе. В случае с Петунником обе функции сливаются — трудно отделить птицевода от человека с петушиным нравом, и, возможно, прозвище соединяло оба смысла.

Фамилия построена по стандартной модели притяжательных фамилий на –ов: Петунников буквально значит «сын Петунника». Такая модель в XV–XVII веках стала господствующей для фамилий крестьян и посадских людей, поэтому Петунниковы — фамилия скорее простонародная, чем дворянская, хотя точных сведений о сословной принадлежности первых носителей не сохранилось.

В документах фамилия встречается редко, что неудивительно: прозвище Петунник не получило широкого распространения, в отличие от фамилий от канонических имён. Родственные фамилии — Петухов, Петушков, Петунин — образованы от той же основы, но Петунников стоит особняком благодаря диалектной форме и редкому суффиксу.

Итог прост: предки носителей фамилии либо работали с домашней птицей, либо славились бойким характером, а скорее всего — и то и другое вместе, потому что прозвища в народе давали метко, по самому заметному качеству человека.