Фамилия Петуня — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив исходный суффикс. В ней нет типичных русских окончаний -ов или -ин, что сразу указывает на украинское или белорусское происхождение. В этих языках фамилии на -я (Петуня, Гончаря, Коваля) — обычное дело: суффикс выполнял роль притяжательной или просто фиксировал прозвище как родовое имя.

Основа фамилии — слово «петух». Но здесь не просто птица. В славянской традиции петух был символом задиристости, бойкости и раннего подъёма. Прозвище Петуня могли дать человеку с громким голосом, вспыльчивым нравом или любовью затевать ссоры. В некоторых говорах «петуня» — это ещё и уменьшительно-ласкательное обращение к петуху, так что прозвище могло быть не обидным, а скорее шутливым.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с крестильным именем Пётр. В диалектах имя Пётр иногда сокращали до Петуня (по аналогии с Петруня, Петруха). Тогда фамилия могла означать «сын Петра». Однако такое образование встречается редко: обычно от Петра образовывали Петров или Петренко, а Петуня — это всё же звукоподражательный вариант, ближе к птице.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским землям: чаще всего её встречали в Гродненской, Волынской и Минской губерниях. Встречается и в современной Беларуси, и на западе Украины. В центральной России она практически не фиксировалась — там предпочли бы форму Петухов.

Любопытная деталь: фамилия Петуня могла возникнуть и как прозвище пастуха или птицевода, но это слишком узкая версия. Гораздо вероятнее, что её носил человек, которого за характер в шутку называли петухом — и прозвище прилипло настолько прочно, что стало фамилией его потомков.