Фамилия Пидина — редкий пример, где окончание «-а» не указывает на женский род, а является частью исконной мужской формы. В русской ономастике фамилии на «-ин» (Пидин) образуются от основ, оканчивающихся на согласный или «-а», а форма Пидина — это либо старая орфографическая запись (когда окончание «-а» писали слитно с основой), либо вариант, закрепившийся в документах. Чаще всего такие фамилии принадлежали крестьянам и мещанам северных и центральных губерний России, где окончание «-а» в фамилиях встречалось чаще, чем в южных.

Основа фамилии — «Пид-». Самое вероятное объяснение: это вариант имени или прозвища Пидя, которое могло быть сокращением от крестильного имени Пётр (Петя → Пидя, по аналогии с Мидя от Дмитрий). В русских говорах переход «т» в «д» перед мягкими гласными — явление нередкое. Вторая версия — прозвище от диалектного глагола «пидеть» (в некоторых говорах — «пищать», «ныть»), то есть Пидя — человек с тонким голосом или ворчун. Версия с польским или украинским корнем «пид» (пот) маловероятна для русской фамилии: тогда она звучала бы как Пидов или Пидский.

С точки зрения географии, фамилия Пидина встречается в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает версию о происхождении от имени Пётр: именно в этих регионах в XVII–XVIII веках была высока концентрация старообрядцев, которые часто использовали народные формы канонических имён. Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Пидин, то есть сын, потомок Пиди.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Пидин, Пидяев, Пидюков) показывает, что Пидина — самая редкая форма, и её носители, скорее всего, происходят из одного небольшого рода. Сословная принадлежность предков — вероятнее всего, государственные или дворцовые крестьяне, так как фамилии на «-ин» у дворян встречаются реже и обычно имеют другую основу.