Фамилия Пиголицын — редкий пример, где корень можно разгадать почти наверняка, а вот суффикс ставит в тупик. Основа здесь прозрачна: «пиголица» или «пиголица» — в северных и сибирских говорах так называли пигалицу, то есть чибиса. Птица крикливая, суетливая, с характерным норовом. Прозвище Пиголица могли дать человеку вертлявому, шумному или, наоборот, тому, кто носил пёструю или нелепую одежду — по аналогии с пёстрым оперением чибиса.

Но что делает фамилию необычной — это суффикс. Подавляющее большинство русских фамилий от прозвищ на -а образуются через -ин: Пиголицын, а не Пиголицын. Вариант с -ын встречается, но обычно он указывает на принадлежность к роду: «чей?» — «Пиголицын». Однако здесь написание через «ы» — скорее следствие старой орфографии или местного произношения. В дореволюционных записях фамилии на -ын нередко писали через «ы» даже там, где сейчас пишут «ин» (сравните: Голицын — от Голица). Так что Пиголицын — это та же модель, что и более привычная Пиголицын, просто закреплённая в письменном виде.

Географически фамилия тяготеет к северу и северо-востоку Европейской России. В переписях XVII–XVIII веков Пиголицыны встречаются в Вологодской, Архангельской и Вятской губерниях — то есть в тех краях, где слово «пиголица» было в ходу. В центральных говорах чибиса называли чаще «пигалицей» или «чибисом», так что корень явно диалектный.

Сословный разброс, скорее всего, крестьянский. Владельческие фамилии у крестьян в этих регионах начали закрепляться поздно, к концу XVIII — началу XIX века, поэтому Пиголицыны — потомки тех, кого прозвали за повадки или внешность, а не за ремесло. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что только подтверждает её народное происхождение.

Любопытная деталь: в некоторых списках XIX века фамилию писали через «а» — Паголицын, что могло быть результатом «акающего» произношения или ошибки писаря. Но исходный корень всегда один — птица, и прозвище, скорее всего, давали не в обиду, а по-свойски, за живость характера.