Фамилия Пиглицын — редкий пример, где корень слова почти не сохранился в современном языке, но при этом фамилия образована по прозрачной модели. Основа «пиглиц-» с большой вероятностью восходит к диалектному слову «пиглица» — так в некоторых русских говорах называли пеночку или другую мелкую певчую птицу. В этом случае фамилия относится к «птичьим» прозвищам, которые давали по внешнему сходству, повадкам или голосу: Пиглица — человек маленького роста, вертлявый, звонкоголосый или просто чем-то похожий на эту пичугу.

Суффикс -ын (в современном написании -ин) указывает на притяжательную модель: «чей?» — Пиглицын, то есть сын или потомок человека по прозвищу Пиглица. Такая модель — одна из древнейших в русских фамилиях, и она характерна для крестьянской и посадской среды, где фамилии часто возникали не из имени, а из бытового прозвища.

Есть и менее вероятная версия: связь с глаголом «пиглить» (в некоторых говорах — пищать, плакать тонким голосом), но она почти не подкреплена источниками. Важно, что фамилия не имеет отношения к географическим названиям или дворянским родам — она сугубо прозвищная, северо-русского или центрально-русского происхождения. Судя по редкой распространённости, носители Пиглицыных встречаются в основном в Ярославской, Костромской и Вологодской областях — регионах, где сохранялась архаичная лексика.

Однокоренных фамилий почти нет, что делает Пиглицына ярким маркером местного говора. В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова эта фамилия не упоминается, что подтверждает её локальный и редкий характер.