Фамилия Пилишек — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с произношением, но происхождение при этом неочевидно. Сразу бросается в глаза суффикс -ек, который в русских фамилиях встречается нечасто. Это уменьшительный или ласкательный суффикс, характерный скорее для польской, белорусской и украинской традиции. В польском языке суффикс -ek образует множество фамилий (например, Новак, Ковалик), и Пилишек — одна из них. Основа здесь — Пилиш-.

Самое вероятное объяснение: фамилия образована от прозвища или имени Пилиш, которое, в свою очередь, восходит к глаголу «пилить». В славянских языках «пилиш» или «пилишь» — форма второго лица единственного числа настоящего времени. Такие фамилии, образованные от глагольных форм, не редкость: вспомните Непейвода, Тянигавка или Бейгущ. Пилишем могли прозвать человека по профессии — пильщика, лесоруба, плотника, работающего пилой. Вторая версия, менее надёжная, связывает основу с чешским или словацким словом «piliš» — «пьяница» (от «pít» — пить). Но в этом случае фамилия звучала бы как Пилиш, а суффикс -ек указывает на уменьшительность, что больше подходит для прозвища по занятию: «маленький пильщик» или «сын пильщика».

Географически фамилия Пилишек тяготеет к западным регионам исторической России — современным Беларуси, Польше, западной Украине. Встречается она и в Литве, что подтверждает её польско-литовские корни. В Российской империи такие фамилии часто фиксировались у мещан и крестьян, реже у шляхты. Сословная принадлежность здесь не прослеживается однозначно: суффикс -ек не был прерогативой какого-то одного класса.

Словообразовательная модель проста: основа Пилиш- + суффикс -ек. Если бы фамилия была русской по происхождению, мы бы ожидали суффикс -ов или -ин (Пилишев или Пилишин). Наличие -ек — прямое указание на западнославянское влияние. В польском языке эта фамилия могла писаться как Piliszek или Pileszek, а в белорусском — Пілішак. Единственный нюанс: в русской транскрипции ударение падает на первый слог (Пи́лишек), хотя в оригинале могло быть на второй (Пили́шек). Спорных версий немного, и самая правдоподобная — профессиональная: предок носителя фамилии был пильщиком или работал с пилой.