Фамилия Пимахин образована от имени Пимаха — так в народе называли мужчину, носившего крестильное имя Пимен. Само имя пришло из греческого языка и означает «пастух», а в переносном смысле — «руководитель» или «наставник». В православной традиции это имя прославил Пимен Великий, египетский подвижник IV–V веков, почитаемый в лике преподобных; его память церковь отмечает 27 августа.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: к основе Пимах- добавили типичный для русских фамилий суффикс -ин, указывающий на принадлежность. То есть Пимахин — это «сын Пимахи», а сама форма Пимаха возникла как уменьшительно-обиходное производное от Пимена. Подобные усечённые варианты церковных имён (Пимаха, Пименка) были обычны в крестьянской и посадской среде, где полное имя звучало слишком торжественно.

Интересно, что фамилия Пимахин встречается заметно реже, чем однокоренные Пименов или Пименков. Это говорит о том, что она закрепилась в какой-то локальной местности и передавалась внутри одного рода, тогда как другие формы от того же имени рассеялись шире. Возможно, предки носителей фамилии жили в северных или поволжских землях, где такие «домашние» варианты имён чаще переходили в официальные фамилии при переписях.

Имя Пимен в древности было не только крестильным, но и нарицательным: пастух в Византии считался фигурой уважаемой, а образ доброго пастыря переносился на священников и наставников. Так что в основе фамилии лежит не просто личное имя, а целый пласт культурных ассоциаций — от реального занятия до христианского идеала духовного руководства.