Основой фамилии Пинаев послужило мирское имя Пинай. По одной из версий, нецерковное имя Пинай восходит к глаголу «пинать» - «толкать». Возможно, его дали ребенку, часто пинавшемуся ножками. Однако существует и другая гипотеза, согласно которой эта фамилия образована от мордовского имени Пиняй (Пинай), в основе которого лежит слово «пине» - «собака». Веселовского записаны: Пинай Никитич Елбузин, 1586 г., Москва; Пинай Степанович Лесков, 1603 г.; Пинайко, крестьянин, 1627 г., Курмыш. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Пинай, со временем получил фамилию Пинаев.