Фамилия Пинаичева — женская форма фамилии Пинаичев, и её разбор стоит начать с мужского варианта, потому что именно в нём скрыта загадка происхождения. На слух фамилия звучит необычно, и это не случайно: она образована от прозвища или имени, которое почти вышло из употребления.

Словообразовательная модель прозрачна: основа «Пинаич» плюс типичный русский патронимический суффикс «-ев», указывающий на принадлежность («чей?» — Пинаичев, то есть сын Пинаича). Суффикс «-ич» в основе — отчество в чистом виде. В древнерусской традиции отчества на «-ич» давали людям уважаемого положения, но в фамилиях этот суффикс закрепился реже, чем «-ов» или «-ин». Встречается он в основном на севере и в центральной России, а также в среде казачества. Сама фамилия Пинаичев, судя по географии, тяготеет к южным регионам — встречается в документах по Воронежской, Ростовской областям и Краснодарскому краю.

Корень «Пин-» вызывает споры. Самая прямая версия: основа от канонического имени Пинхас (древнееврейское «Пинехас»), которое в просторечии на Руси сокращали до Пинай. Имя Пинхас носил библейский первосвященник, и оно было в святцах, хотя и нечастым. От уменьшительной формы Пинай через отчество Пинаич и появилась фамилия. Это объяснение поддерживает и словарь русских фамилий Б. Унбегауна, где подобные образования (Пинаев, Пиняев) возводятся к Пинхасу.

Вторая версия — мирское прозвище Пинай от глагола «пинать» (толкать ногой, бить). В диалектах «пинай» могло означать задиру или нерадивого работника, которого всё время понукали. Однако отчество Пинаич от такого прозвища маловероятно: оно звучит слишком официально для бытового имени. Правдоподобнее первая версия.

Фамилия Пинаичева — редкая. В дореволюционных списках она не значится среди дворянских, а значит, предки были, скорее всего, крестьянами или однодворцами (особенно в южных губерниях). Ударение в фамилии, судя по живой речи носителей, падает на второй слог: Пина́ичев.