Фамилия Пишкина образована по самой распространённой в русском языке модели — с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность. Это типичная «материнская» или «отцовская» фамилия: буквально она означает «чей?» — дочь или жена человека, которого звали или прозывали Пишка. Основа здесь — Пишк-, и ключевой вопрос: что стояло за этим прозвищем или именем.

Самый прямой путь — к уменьшительной форме личного имени. В русских говорах Пишкой могли называть носителя имени Пётр (от просторечного «Пи́тя» или «Пи́ша»), а также, реже, Сидор или Филипп. В этом случае фамилия Пишкин/Пишкина — вариант более известных Петин, Петров, Петрушкин, но с диалектной огласовкой. Унбегаун в «Русских фамилиях» отмечает, что суффикс -к- в основе часто давал прозвищные формы, которые потом закреплялись как фамилии.

Вторая версия — от прозвища, связанного с глаголом «пи́шкать» или существительным «пи́шка». В северных и сибирских говорах «пишка» — это писклявый, слабый голос, а «пишкать» — пищать. Прозвище Пишка могли дать человеку с тонким, высоким голосом, либо ребёнку, который много плакал или капризничал. Такие прозвища по физиологической особенности — обычное дело в крестьянской среде, где фамилии часто возникали из уличных кличек.

Встречается и более редкое значение: в некоторых регионах «пишкой» называли небольшой мешочек, кисет или пучок чего-либо. Если предок был, например, торговцем мелочным товаром или носил с собой характерный мешок, прозвище могло закрепиться за ним.

Фамилия Пишкина — недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская. Географически она тяготеет к центральным и северным областям России, особенно к Вологодской, Архангельской и Костромской губерниям. Встречается и у старообрядцев — у них нередко сохранялись архаичные формы имён.

Ударение в фамилии чаще всего ставится на первый слог: Пи́шкина. Второй вариант, с ударением на второй слог, возможен, но менее характерен для русской фамильной нормы.