Фамилия Пистолин — одна из тех, где интуитивная догадка читателя обычно не совпадает с реальностью. На первый взгляд кажется, что в основе лежит «пистолет», но это ошибка, вызванная случайным созвучием. На деле корень здесь — греческое слово «πιστός» (пистос), означающее «верный», «преданный». Через посредничество итальянского языка это слово дало имя Пистоли (Pistoli) — так в Италии могли называть человека, заслуживающего доверия, или же дать прозвище тому, кто славился верностью слову.

Фамилия образована по русской модели: к иноязычной основе добавили типичный суффикс принадлежности -ин. В крестьянской и мещанской среде так отвечали на вопрос «чей ты?»: Пистолин — значит «сын человека по прозвищу Пистоля» или «из семьи Пистоли». Ударение в исходном итальянском имени падает на первый слог (Пи́столи), но в русском быту оно могло сместиться на второй — отсюда и современное Пистоли́н.

Встречается фамилия в основном на юге России и в Поволжье — зонах, куда в XVIII–XIX веках приглашали иностранных колонистов и специалистов. Итальянские архитекторы, инженеры, виноделы и торговцы оседали в Одессе, Крыму, на Дону; их русские потомки нередко получали фамилии по отцу. Не исключено, что предок-носитель фамилии был не военным, а, скажем, управляющим имением или ремесленником, которого за добросовестность прозвали «Верный».

В отличие от фамилии Пистолетов (которая действительно происходит от названия оружия и встречается чаще), Пистолин — редкий антропоним. В дореволюционных метрических книгах он почти не фиксируется, что говорит о позднем оформлении или малой численности рода. Сегодня носители фамилии живут в основном в центральной России и на Урале, но их немного — по открытым данным, не более нескольких сотен человек.