Фамилия Плахоткин, на первый взгляд, звучит как типичная русская фамилия с суффиксом -ин. Однако её основа выбивается из привычного ряда ремесленных или «птичьих» фамилий. Ключ к разгадке — слово «плахотка». В южнорусских и украинских говорах так называли небольшую деревянную лодку-долблёнку, выдолбленную из цельного ствола дерева. Корень тот же, что и у «плахи» — обрубка бревна. Таким образом, Плахоткин — это тот, кто имел отношение к плахотке: либо делал такие лодки, либо пользовался ими, был лодочником или рыбаком.

Суффикс -ин в данном случае указывает на принадлежность: «чей сын?» — Плахоткин, то есть сын Плахотки. Само прозвище Плахотка, от которого и пошла фамилия, было профессиональным. Оно закрепилось за человеком, который промышлял на плахотке или строил их. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образуются от основ на твёрдый согласный, -ин крепится к основам на -а/-я, что и произошло с прозвищем Плахотка.

Географически фамилия тяготеет к югу России и к Украине, где речное судоходство на небольших реках и лиманах было развито. Встречаются и другие однокоренные варианты: Плахотный, Плахотников. Разница в суффиксах отражает разные модели образования: -ный даёт прилагательное (плахотный мастер), а -ник — деятеля (плахотник — тот, кто делает плахотки). Фамилия Плахоткин, с её уменьшительным суффиксом, звучит более «домашне», как прозвище, перешедшее в наследство.

В дворянские родословные книги эта фамилия не попала, что неудивительно: она указывает на крестьянское или мещанское происхождение, на человека, чей труд был связан с водой и деревом. Носители фамилии Плахоткин — это потомки лодочников, рыбаков или плотников, специализировавшихся на долблёнках.