Фамилия Плаутин — одна из тех, что хранит в себе слово, почти ушедшее из живого языка. Её основа — «плаут», диалектное название, которое в разных говорах означало одно и то же растение: плаун, он же ликоподий, или, проще, зелёный мох. В некоторых областях «плаутом» называли и стелющийся можжевельник, и даже болотную траву. Человек, получивший такое прозвище, мог жить в сырой, лесистой местности, где этого мха было в изобилии, или же заниматься его сбором — плаун использовали в народной медицине и для изготовления красок.

Суффикс «-ин» указывает на типичную восточнославянскую модель образования от основ на «-а» или твёрдый согласный: Плаута — Плаутин. То есть фамилия пошла не от отчества (как, скажем, Петров), а от прямого прозвища. Фонетический облик слова «плаут» не оставляет сомнений в его северном или северо-западном происхождении: в диалектах Архангельской, Вологодской, Новгородской губерний звук «ф» часто заменяли на «п», а «плаун» превращался в «плаут». Это же явление встречаем в фамилиях Плаунов и Плаутин (от Плаун — Плаунов, от Плаута — Плаутин).

Версия о связи с личным именем Платон, которую иногда выдвигают, маловероятна: от Платона закономерно получилась бы фамилия Платонов или Платонин, а Плаутин потребовал бы промежуточной формы «Плаута» — искусственной и не зафиксированной в источниках. Гораздо ближе к истине сравнение с фамилией Плаунов, где основа та же, но суффикс другой. Обе фамилии — редкие, и в старых переписных книгах носители встречаются в основном на Русском Севере и в Сибири, куда переселенцы унесли с собой диалектное слово.

Таким образом, предок Плаутиных — скорее всего, не знатный человек и не ремесленник с городской вывеской, а крестьянин или охотник, знавший толк в лесных травах. Прозвище закрепилось за ним либо по месту жительства («живущий у плаунового болота»), либо по занятию («собирающий плаун»). Фамилия осталась точным срезом народного говора, который почти стёрся из памяти, но сохранился в документах.