Мирское имя Плюто восходит к украинскому нарицательному «плюта» со значением «ненастье, дождь, ливень, с грозой». Вероятно, таким именем нарекли ребенка, рожденного в непогоду. Согласно другой гипотезе, в основе фамилии Плюто лежит не мирское имя, а прозвище Плюто, имеющее схожую этимологию с латышским нарицательным plyta - «кирпич». В таком случае это прозвище, скорее всего, относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности основателя фамилии: он мог быть строителем или рабочим кирпичного завода. Известным представителем фамилии является Игнатий Иванович Плюто (1857 – 1932) – дворянин, участник революционного движения в России.