Фамилия Подавинникова хранит память о крестьянском быте и занятиях предков. Это фонетический вариант более старой формы Подовинников, которая возникла под влиянием «акающих» говоров: в безударной позиции «о» стали произносить как «а», и со временем это произношение закрепилось на письме.

Основа фамилии — прозвище Подовинник. Оно образовано от слова «подовинник», которое В. И. Даль объясняет как «то, что под овином, ямник, половинная яма, где идет топка». Овин — это постройка для сушки снопов перед молотьбой. Даль подробно описывает его устройство: «Крестьянские овины, на 300-1000 снопов, бывают рубленые, плетневые (мазаные), битые (глиняные), редко каменные. Главные части его: яма и ямник, в коем разводится огонь, обычно прямо, весьма редко в курной печи; над ямой сушило, садило, насад или колосник, где, на решетинах, насаживаются снопы, либо в однорядку, огузками на колосники, или в разноряд, комлями вверх и вниз, попеременно; в сушило входят через сенцы, предовинье, которое в риге бывает обширнее, и в нем тогда идет молотьба и вейка; самый овин или колосник покрыт накатом, заваленным землею, а все вместе крыто соломой; в ямник входят снаружи, через подлаз, иногда также крытый».

Скорее всего, прозвище Подовинник указывало на род занятий человека: так могли назвать того, кто участвовал в работах по уборке снопов в овин, следил за огнем в ямнике или ухаживал за постройкой. Но возможна и шутливая трактовка — так могли прозвать человека, который отдыхал под овином в тени, пока другие работали. В северных говорах подовинником называли и духа, который, по поверьям, «водился» в овинной яме, — такое прозвище могло закрепиться за человеком с непростым или странным характером.

Раннее документальное свидетельство фамилии приводит С. Б. Веселовский: он записал Подовинникова Петра, посадского человека, 1624 год, Зарайск. Это говорит о том, что уже в первой половине XVII века прозвище перешло в разряд семейных именований, причем у посадского населения, а не только у крестьян.

Суффикс -ников- в основе указывает на принадлежность к занятию или месту, а окончание -а в фамилии Подавинникова — на женскую форму. Носительница такой фамилии — потомок того самого Подовинника, чье прозвище закрепилось за родом почти четыреста лет назад.