Фамилия Подовиников — редкий пример того, как профессиональное прозвище обрастало суффиксами и меняло значение. В её основе лежит слово «подови́н» — так в русских говорах называли место под овином или само углубление, где сушили снопы перед молотьбой. Овин был ключевой хозяйственной постройкой, и тот, кто работал «под овином» — закладывал снопы, следил за огнём, — получал прозвище Подови́нник. Суффикс -ник здесь указывает на человека по месту или роду занятий, как, например, в словах «печник» или «огородник».

Второй суффикс -ов- в окончании фамилии — типичный патронимический: Подовиников буквально значит «сын Подови́нника». То есть фамилия двойного происхождения: сначала от места к занятию (подови́н → подови́нник), потом от занятия к отчеству (Подови́нник → Подови́нников). На письме двойное «н» закрепилось, хотя в разговорной речи нередко произносили с одним.

В отличие от более частых фамилий вроде Подови́нников (с ударением на второй слог), ударение в Подови́ников падает на третий — это устойчивый акцент, свойственный северным и сибирским говорам. Географически фамилия встречается в основном в старообрядческих регионах: Архангельская область, Пермский край, Забайкалье. Там овины сохранялись дольше, а профессиональные прозвища передавались как фамилии без изменений.

Интересная деталь: прозвище Подови́нник могло закрепиться не только за крестьянином, но и за владельцем овина или арендатором, который сдавал место для сушки. В этом случае фамилия несла уже не столько ремесленный, сколько имущественный оттенок — указание на статус. Однако точных записей о таких случаях по фамилии Подовиников нет, это лишь реконструкция по аналогии с однокоренными фамилиями (Овинников, Подовинников).