Фамилия Подоиников — редкий пример, когда основа слова сохранила почти нетронутым глагольное значение, из которого выросло прозвище. В её ядре лежит глагол «подоить» (доить), а суффикс -ник указывает на деятеля: подойник — это не просто человек, а тот, кто занимается дойкой, дояр. Формально фамилия образована по модели «прозвище + -ов»: сын Подойника стал Подоиниковым.

Однако здесь есть тонкость, которая отличает эту фамилию от более частых Подойников или Подойницын. В старом русском языке слово «подойник» имело два значения. Первое — доильщик, работник, который доит коров или коз. Второе — сосуд для молока, подойник (ведро или кувшин, куда цедят молоко). Второе значение в быту было распространённее, поэтому прозвище Подойник могли дать не только тому, кто доил, но и мастеру, делавшему такие сосуды, — бондарю или меднику. Спор между этими версиями не принципиален: в любом случае фамилия указывает на занятие предка, связанное с молочным хозяйством или ремеслом.

Фамилия Подоиников — северная и северо-восточная по происхождению. Она встречается в Вологодской, Архангельской, Кировской областях, а также в Пермском крае. Это не случайно: именно в этих регионах до середины XX века широко использовали слово «подойник» как в значении «дояр», так и в значении «посуда для молока». На юге России и в Сибири чаще говорили «дойник» или «дойница», поэтому фамилия Подоиников там почти не встречается.

Словообразовательная модель проста: основа «подойник» (от глагола «доити» с приставкой «по-») плюс патронимический суффикс -ов. В говорах встречается вариант с ударением на последнем слоге — Подойнико́в, но в литературном произношении закрепилось ударение на втором слоге: Подои́ников. В дореволюционных метрических книгах фамилию иногда записывали через «а» — Падоиников, что отражает акающее произношение северных говоров.

От других фамилий того же корня (Подойников, Подойницын, Дойников) эту отличает именно полная форма «подойник» без усечения. Если Подойников — это «сын подойника», то Подоиников — то же самое, но с сохранением интерфикса «и», что характерно для некоторых северных диалектов. Носители фамилии сегодня — в основном потомки крестьян-середняков или ремесленников из Вологодской и Архангельской губерний, занимавшихся молочным скотоводством или бондарным делом.