Фамилия Подойников образована от прозвища Подойник, которое напрямую связано с ремеслом и бытом русской деревни. Подойником называли сосуд, ведро, в которое доили молоко. Вероятнее всего, основатель рода Подойниковых был бондарем-ремесленником, мастером по изготовлению таких ведер, или же человеком, который постоянно пользовался этим предметом в своей работе, например, пастухом или скотником.

Само прозвище Подойник относится к распространенному типу именований по роду занятий. Интересна и материальная сторона вопроса: подойник представлял собой деревянное ведро в форме усеченного конуса с носиком, выдолбленным из толстой ветки, и скреплялся двумя металлическими обручами. В разных регионах России этот обиходный предмет называли по-разному: дойник, подойница, доилка, доильник, подовница (в Вятской губернии) и подояшка (в Тверской и Псковской губерниях). Такое разнообразие диалектных названий говорит о широкой географии бытования слова, но именно форма «подойник» закрепилась в фамилии.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: к основе «подой-» добавился суффикс «-ник», обозначающий предмет или лицо по действию, а затем стандартный патронимический суффикс «-ов». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Подойник, со временем получил фамилию Подойников. О точном месте и времени возникновения фамилии сейчас говорить сложно, поскольку процесс формирования русских фамилий был длительным и завершился в основной массе лишь к XVII–XVIII векам. Однако сам факт того, что в основе лежит не имя, а именно прозвище от нарицательного существительного, указывает на древние пласты народной ономастики. Интересно, что однокоренных фамилий с этим корнем почти не встречается, что делает Подойниковых довольно редким и самобытным родом.