Фамилия Подорникова — женская форма фамилии Подорников. В её основе лежит прозвище или профессиональное имя Подорник, которое, скорее всего, указывало на род занятий человека. Слово «подорник» в русских говорах могло означать работника, который занимался «дором» — расчисткой земли от кустарника и корней под пашню. В словаре Владимира Даля «подор» — это место, где содран дерн или выкорчеван лес. Соответственно, Подорник — это тот, кто «поднимает целину», корчует пни, готовит землю для посева. Такая фамилия могла закрепиться за крестьянином-земледельцем в северных или центральных губерниях России, где подсечное земледелие было распространено вплоть до XIX века.

Суффикс -ов- в фамилии Подорников указывает на типичную русскую модель образования отчества или прозвища на -ник: Подорник — сын Подорника. Таких фамилий много: Мельников, Печников, Сапожников. Но если Мельников и Печников ясны по смыслу сразу, то Подорников уводит в более узкую, ремесленную сферу, связанную не с обработкой металла или дерева, а с грубой земельной работой.

Есть и вторая, менее вероятная версия: связь с топонимом. В некоторых областях существовали деревни с названием Подорное, Подорки. Тогда Подорников — это «выходец из Подорного». Однако в говорах слово «подорник» фиксируется именно как название рабочего, а не как житель по названию места, поэтому первая версия выглядит убедительнее.

Фамилия редкая, нечастотная. Её носители, скорее всего, потомки государственных или помещичьих крестьян из нечерноземной полосы — из Вологодской, Архангельской, Костромской или Вятской губерний. В переписных книгах XVII–XVIII веков такая фамилия могла закрепиться за целым родом, занимавшимся расчисткой лесных участков. Сейчас фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда.