Фамилия Подойникова образована от прозвища Подойник. В его основе лежит глагол «доить». Поэтому можно предположить, что основатель рода Подойниковых был дояром. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Подойник, со временем получил фамилию Подойникова.