Фамилия Подчиненко — яркий пример украинской модели образования фамилий на -енко. Суффикс -енко, который в украинской ономастике выполняет ту же роль, что русские -ов/-ев, буквально означает «маленький», «сын» или «потомок». То есть Подчиненко — это «сын Подчиненного» или «потомок человека с прозвищем Подчиненный».

Основа фамилии — слово «подчиненный». В современном языке оно означает лицо, находящееся в зависимости, но в прошлом у него было более прямое значение. Прозвище Подчиненный могли дать человеку, который состоял на службе, был в подчинении у кого-то, возможно, у помещика или военачальника. Однако здесь есть и другая, более правдоподобная версия: в диалектах русского и украинского языков «подчиненный» могло относиться к человеку, который «подчиняет», то есть наводит порядок, подчиняет себе территорию или хозяйство. В таком случае прозвище носило бытовой, а не служебный характер и означало скорее «распорядитель» или «управляющий», а не просто «подвластный».

С географической точки зрения фамилия Подчиненко тяготеет к восточным и центральным регионам Украины, особенно к Полтавщине, Черкасщине и Слобожанщине, где суффикс -енко исторически доминировал. Встречаются и написания с одной «н» — Подчиненко, что может быть результатом упрощения или канцелярской ошибки при записи.

Стоит отметить, что фамилия не имеет отношения к известным дворянским родам — это крестьянская или казацкая фамилия, возникшая в среде, где прозвища давали по социальному положению или роду занятий. В отличие от похожих фамилий вроде Подчиненков (с русским суффиксом -ов), форма на -енко однозначно указывает на украинскую среду возникновения.