Фамилия Подгаецкая почти наверняка происходит от географического названия, а не от личных качеств предка. В её основе лежит прозвище Подгаецкий, которое закрепилось за человеком, выходцем из села или местечка Подгайцы. Такие топонимы не редкость на западе и в центре Украины: их можно встретить в Волынской, Львовской, Ровенской, Тернопольской областях, а также в Криворожской и Харьковской. Слово «Подгайцы» составное: предлог «под» указывает на расположение у объекта, а корень «гай» в украинском языке означает рощу или небольшой лес. То есть буквально это «место у леса» или «селение под рощей». Предок носителей фамилии, скорее всего, родился или владел землей в одном из таких сел, и его имя по месту жительства со временем превратилось в родовое.

Суффикс -ск- в фамилии указывает на типичную модель образования от географических названий, распространенную в польской и украинской традициях. Изначально такие прозвища получала шляхта, но позже они закрепились и за крестьянами, переселявшимися из одного села в другое. Женская форма Подгаецкая — это, как правило, либо жена, либо дочь Подгаецкого, и в русской традиции такая форма стала самостоятельной фамилией.

Существует и альтернативная, но менее убедительная версия, которую упоминают в народной этимологии. Она связывает фамилию с прозвищем Подгай, а его, в свою очередь, с русским диалектным глаголом «гаить», то есть кричать или шуметь. Сторонники этой гипотезы предполагают, что родоначальник обладал зычным голосом. Однако эта версия выглядит натянутой: слишком много населенных пунктов с названием Подгайцы, чтобы отбрасывать очевидную топонимическую связь. Скорее всего, версия о «крикуне» возникла как попытка объяснить непонятную основу, тогда как реальная история фамилии гораздо прозаичнее и связана с ландшафтом.

Среди известных носителей фамилии выделяется Венедикт Дмитриевич Подгаецкий (1839–1891), русский военный врач и писатель. Его биография подтверждает, что фамилия не была узко крестьянской: к XIX веку она встречалась в среде разночинной интеллигенции и дворянства, особенно в регионах, граничащих с Украиной. Таким образом, фамилия Подгаецкая — это типичный пример ойконимической фамилии, которая говорит о географических корнях семьи, а не о характере или профессии предка.