Фамилия Подганюк звучит как типичная украинская или белорусская фамилия, и её разбор это подтверждает. Суффикс -юк указывает на восточнославянское происхождение, характерное для запада Украины, Полесья и юга Беларуси. В этих регионах суффикс -юк часто выполнял функцию уменьшительности или указывал на сына, ученика, подмастерье, то есть на родственную или профессиональную связь.

Основа фамилии — «Подган» — это, скорее всего, прозвище. Вероятнее всего, оно образовано от глагола «подганять» (подгонять). Прозвище Подган мог получить человек, который постоянно кого-то торопил, понукал, был нетерпеливым или, наоборот, сам выполнял работу подгоняльщика — например, на барже, на стройке или в крестьянском хозяйстве, где нужно было подгонять лошадей или волов. В говорах слово «подган» могло означать и того, кто подгоняет скот, погонщика.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с географическим названием. В Украине есть село Подгайцы, и фамилия могла возникнуть от названия жителя Подгай (живущий под гаем, то есть под лесом). Однако форма «Подганюк» явно указывает на глагольный корень, а не на «гай». Поэтому версия с прозвищем Подган — основная.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения, что типично для фамилий, возникших из местных прозвищ в небольших регионах. Встречается она преимущественно в Тернопольской, Ровенской и Хмельницкой областях Украины, а также среди потомков переселенцев в западной Сибири. Сословно предки Подганюков, скорее всего, были крестьянами или казаками — в среде этих сословий прозвища, связанные с действиями и характером, давались особенно часто.