Фамилия Подковенко — яркий пример украинской модели фамилий, образованных с помощью суффикса -енко. В украинской ономастике этот суффикс исторически указывал на «малого», «сына» или «потомка» человека, чьё прозвище или профессия легли в основу. В данном случае основа — «Подкова» или «Подковка».

Самый прямой путь к происхождению — прозвище Подкова. В среде ремесленников, особенно кузнецов, такое прозвище могли дать человеку, который был не просто кузнецом, а специализировался именно на изготовлении подков. Но есть и менее очевидная версия: прозвище могло закрепиться за человеком с необычной походкой (как будто «подкованный»), либо за тем, кто носил обувь с металлическими набойками — такую деталь в деревне быстро замечали и превращали в фамильное имя.

Словообразовательная модель типична для юго-восточных земель Речи Посполитой, а затем и Малороссии. Фамилии на -енко массово фиксируются в реестрах Войска Запорожского XVII века, поэтому Подковенко — почти наверняка фамилия казацкого происхождения. Предок носителя мог быть реестровым казаком или мещанином, владевшим кузнечным ремеслом.

В русском языке фамилия сохранила украинский суффикс, что отличает её от русских аналогов вроде Подковов или Подковкин. Встречается она преимущественно в центральных и восточных областях Украины, а также в южных регионах России, куда переселялись украинские крестьяне и казаки в XVIII–XIX веках.

Носители фамилии Подковенко, скорее всего, происходят из среды свободных ремесленников или казаков, а не крепостных крестьян — в Черниговской, Полтавской или Харьковской губерниях такие фамилии встречались у государственных крестьян и казачьего сословия.