Фамилия Подковкина образована от прозвища или нецерковного имени Подковка. В отличие от более частых «ремесленных» фамилий вроде Кузнецова или Плотникова, эта отсылает к конкретному предмету — подкове. Прозвище могли дать человеку по нескольким причинам: либо за физическую особенность (например, крепкие, «подкованные» зубы или необычная форма ступни), либо по роду занятий — кузнецу, который специализировался на подковывании лошадей. В некоторых говорах «подковкой» могли называть бойкого, «подкованного» на язык человека.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Подковкины — это дети или потомки человека по прозвищу Подковка. Такая модель типична для северных и центральных областей России. Фамилия довольно редкая и не попала в списки массовых дворянских родов, что говорит о её крестьянском или мещанском происхождении. Интересно, что в старых документах встречаются варианты написания через «а» — Падковкин, что отражает акающее произношение, но норма закрепилась с корнем «подков-».

Спорных версий у этой фамилии немного: маловероятно, что она произошла от географического названия, так как топонимов «Подковка» на карте России практически нет. Также не стоит путать её с фамилией Подковыров — там корень «ковыр-» (ковырять) и совсем другая семантика. Таким образом, основная версия — прозвище по предмету или занятию — остаётся единственной правдоподобной.