Фамилия Подковыркин образована от прозвища Подковырка — и здесь важна не столько приставка «под», сколько сам глагол «ковырять», который в старых говорах значил «копать, рыть, рыться в чем-то», а также «делать что-нибудь медленно, вяло». Прозвище могло закрепиться за человеком по двум разным причинам, и обе стоит рассмотреть.

Первая версия — поведенческая. Подковыркой в народе называли въедливого, дотошного человека, который любил докопаться до сути, задать лишний вопрос или поддеть собеседника словом. В этом случае фамилия указывает на характер основателя рода: он был не из тех, кто скользит по поверхности, а, наоборот, постоянно «подковыривал» — искал скрытое, не давал покоя окружающим своей дотошностью.

Вторая версия связана с древнерусским промыслом. В старину плетение лаптей — крестьянской обуви из древесного лыка — называли именно «ковырянием». Мастера, который занимался этим делом, могли прозвать Подковыркой: он как бы «подковыривал» лыко, готовя его для плетения. Эта версия правдоподобнее для крестьянской среды, где фамилии часто рождались из ремесленных прозвищ. Лапти были самой распространенной обувью на Руси, и мастеров по их изготовлению знали в каждой деревне.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: к прозвищу Подковырка добавили суффикс притяжательности -ин, который указывает на принадлежность потомку. Подковыркин — это буквально «сын Подковырки», «тот, кто из рода Подковыркиных». Суффикс -ин в русской ономастике обычно присоединялся к основам на -а/-я, в отличие от -ов/-ев, которые использовались после твердых согласных, — поэтому мы имеем именно Подковыркина, а не Подковыркова.

Интересно, что фамилия сохранила в себе редкий для современного уха глагольный корень: слово «подковырка» сегодня чаще употребляется в переносном смысле, как «придирка» или «колкость», а изначальное значение, связанное с ковырянием, почти ушло. Это делает фамилию живым напоминанием о тех временах, когда прозвища давали по делу — за характер или за ремесло, и каждое имя несло в себе конкретный образ.

Точных сведений о географии распространения фамилии Подковыркин в открытых источниках мало, но по модели образования она относится к северорусскому и поволжскому типу, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем в южных регионах. Впрочем, это лишь общая тенденция, а не строгое правило: носители фамилии сегодня разбросаны по всей стране, и каждый род имеет свою историю.