Фамилия Подковыркин восходит к прозвищу Подковырка, которое образовано от глагола «ковырять», то есть «копать, рыть, рыться в чем-то» или «делать что-нибудь медленно, вяло» и приставки «под». Таким образом, это прозвище может указывать на особенности поведения основателя рода Подковыркиных. Также не исключено, что прозвище Подковырка связано с древнерусским промыслом – изготовлением (или, как говорили в старину, ковырянием) лаптей – крестьянской обуви, плетёной из древесного лыка. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Подковырка, со временем получил фамилию Подковыркин.