Фамилия Подковырина восходит к прозвищу Подковыра, которое образовано от глагола «ковырять», то есть «копать, рыть, рыться в чем-то» или «делать что-нибудь медленно, вяло» и приставки «под». Таким образом, это прозвище может указывать на особенности поведения основателя рода Подковыриных. Также не исключено, что прозвище Подковыра связано с древнерусским промыслом – изготовлением (или, как говорили в старину, ковырянием) лаптей – крестьянской обуви, плетёной из древесного лыка. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Подковыра, со временем получил фамилию Подковырина.