Фамилия Подковырин образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Подковырин восходит к прозвищу Подковыра, которое образовано от глагола «ковырять», то есть «копать, рыть, рыться в чем-то» или «делать что-нибудь медленно, вяло» и приставки «под». Таким образом, это прозвище может указывать на особенности поведения основателя рода Подковыриных. Также не исключено, что прозвище Подковыра связано с древнерусским промыслом – изготовлением (или, как говорили в старину, ковырянием) лаптей – крестьянской обуви, плетёной из древесного лыка. В этом случае прозвище Подковыра относится к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности основателя фамилии. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Подковыра, со временем получил фамилию Подковырин. О точном месте и времени возникновения фамилии Подковырин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Подковырин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.