Фамилия Подковыркина происходит от прозвища Подковырка. В его основе — глагол «ковырять» с приставкой «под-». В старину это слово означало не только «копать, рыть, рыться в чём-то», но и «делать что-нибудь медленно, вяло». Однако чаще всего прозвище давали человеку язвительному, с острым языком, который любил «подковырнуть» собеседника — то есть уколоть словом, задеть за живое. Такая черта характера, безусловно, бросалась в глаза окружающим и легко закреплялась за человеком в качестве прозвища.

Есть и вторая, более конкретная версия. Подковыркой на Руси называли не только человека, но и инструмент — специальный крючок или кочедык, которым плели лапти. Само плетение лаптей из лыка в народе называли «ковырянием». Так что Подковыркой могли прозвать и умелого мастера, который занимался этим крестьянским промыслом. Эта версия правдоподобна, потому что прозвища по ремеслу были широко распространены, а фамилия Подковыркина встречается в северных и центральных губерниях России, где лапти носили повсеместно.

Суффикс «-ин» в фамилии указывает на принадлежность: Подковыркина — это «дочь, жена или вдова Подковырки». Мужская форма — Подковыркин. Сама модель образования типична для русских фамилий: прозвище отца становилось основой, а суффикс добавлялся по принципу «чей?» — то есть «сын Подковырки».

Интересно, что глагол «подковырнуть» сохранил в современном языке именно переносное значение — «язвительно поддеть», «сделать замечание с подвохом». Прямое значение, связанное с ковырянием, ушло из обихода. Поэтому, если выбирать между двумя версиями, первая — о характере — выглядит убедительнее. Прозвища, данные за особенности поведения, всегда были более живучими, чем профессиональные, и легче переходили в фамилии.

Фамилия не является дворянской или аристократической. Она относится к крестьянской или мещанской среде, где прозвища были обычным делом. Известных исторических личностей с такой фамилией нет, что тоже подтверждает её народное происхождение. В документах фамилия встречается с XIX века, но сам прозвищный корень, безусловно, гораздо старше.