Фамилия Подковырен — одна из тех, что звучит как готовое прозвище, застывшее в грамматической форме. Её основа — глагол «подковырять» или «подковырнуть», что означает «зацепить, поддеть, уколоть». В переносном смысле так говорили о человеке язвительном, любящем поддеть словом или поступком, либо о придирчивом и дотошном. Могли прозвать и за конкретное действие: например, мастерового, который «подковыривал» что-то инструментом, или просто за привычку ковырять.

Словообразовательный разбор здесь нестандартный. Суффикс -ен в фамилии Подковырен — это не типичный -ов/-ев или -ин, а застывшее окончание краткого причастия страдательного залога (подковыренный → Подковырен). Такая модель встречается реже и характерна для прозвищ, которые перешли в фамилии без добавления родового суффикса. По сути, фамилия — это ответ на вопрос «чей?» или «какой?»: сын Подковырена, то есть того, кого так «нарекли» или кто сам был «подковырен» (возможно, имелся в виду хитрец, которого трудно «поддеть»).

Вероятно, фамилия возникла в среде крестьян или ремесленников, где прозвища были точными и цепкими. В северных и центральных губерниях России такие формы на -ен встречаются чаще, чем на юге. Спорных версий немного: иногда пытаются связать с конской подковой (мол, «подковыренный» — тот, кто подкован), но это натяжка — глагол «подковырять» не имеет отношения к кузнечному делу, а звуковое сходство случайно.

Однокоренные фамилии — Подковыров, Подковыркин, Подковыряев — встречаются в русских говорах, но Подковырен выделяется своей лаконичной причастной формой. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) эта модель упоминается как редкая, характерная для прозвищ, ставших фамилиями без изменений. Носителей фамилии немного, она не получила широкого распространения, что типично для локальных прозвищ, не переросших в массовые родовые имена.