Фамилия Подкуйко с первого взгляда звучит как глагольный приказ: «подкуй!» — и это не случайно. В её основе лежит прозвище Подкуй, которое, в свою очередь, образовано от глагола «подковать». Самая вероятная версия происхождения — «профессиональная»: так могли прозвать кузнеца, мастера по подковке лошадей. В старину ремесло кузнеца было делом уважаемым и заметным, поэтому прозвища по роду занятий часто закреплялись за человеком прочнее, чем его крестильное имя.

Словообразовательная модель здесь примечательна именно своим «глагольным» характером. Подобные прозвища-императивы (вроде Держи, Смотри, Непей) встречаются в русской ономастике, но в украинской и белорусской традиции, откуда, скорее всего, и пошла фамилия Подкуйко, они особенно распространены. Суффикс -ко — типичный уменьшительно-ласкательный или «сыновний» формант для восточнославянских фамилий, который изначально мог означать «сын Подкуя» или просто «молодой Подкуй».

Существует и вторая, менее правдоподобная гипотеза: прозвище Подкуй могло возникнуть от переносного разговорного значения того же глагола — «обмануть, надуть, ловко провести». В этом случае прозвище носило бы не профессиональный, а насмешливый характер, отражая черту характера или манеру поведения человека. Однако в пользу «кузнечной» версии говорит то, что прозвища, связанные с ремеслом, были более устойчивыми и чаще переходили в фамилии без дополнительной иронии.

Позже прозвище Подкуй, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах. Так сын кузнеца или сам мастер стал Подкуйко — и это наследственное именование закрепилось за его потомками. Географически фамилия тяготеет к украинским землям, где форма на -ко является одной из самых массовых при образовании фамилий от прозвищ.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Подкуйко стоит в одном ряду с более простыми формами вроде Подкуев или Подкуй, но именно вариант с суффиксом -ко выдаёт региональное происхождение рода. Исторических документов о конкретных носителях этой фамилии сохранилось немного, и это нормально для фамилий «ремесленного» типа: они возникали стихийно, в разных сёлах независимо друг от друга, и зачастую не фиксировались в ранних переписях так подробно, как дворянские роды.