Фамилия Подлипенцева — женская форма фамилии Подлипенцев. Её основа, скорее всего, связана с географическим названием или прозвищем, образованным от слов «под» и «липа». В русских говорах «подлипенье» могло означать место под липой, низину у липовой рощи. Человек, живший в таком месте, получал прозвище Подлипенец или Подлипенка. Суффикс -ец в прозвищах часто указывал на жителя определённой местности (ср. «вологжанец» — житель Вологды), а уже от этого прозвища через типичный патронимический суффикс -ев образовалась фамилия Подлипенцев.

Менее вероятная, но допустимая версия — происхождение от прозвища, данного по внешности или характеру. «Липой» в диалектах могли называть вялого, медлительного или, наоборот, льстивого человека. Тогда «подлипой» — тот, кто «подлипает», ведёт себя угодливо. Однако для фамилии с суффиксом -енцев такая мотивация менее характерна: обычно так образовывали фамилии от названий мест, а не от личных качеств.

Фамилия редкая, с ярко выраженной региональной привязкой. Основной ареал — юг России, особенно Ростовская область и Краснодарский край. Встречается также в центральных чернозёмных областях, но значительно реже. В архивных записях XVIII–XIX веков фамилия фиксируется преимущественно среди государственных крестьян и однодворцев — потомков служилых людей, охранявших южные рубежи. Это объясняет, почему фамилия не получила широкого распространения на севере и в Сибири.

Словообразовательная модель проста: корень «подлип-», суффикс принадлежности -енц- (вариант -ец с наращением -н- перед патронимическим суффиксом), окончание -ев. По типу образования фамилия близка к однокоренным Подлипский, Подлипкин, Подлипняк, но отличается от них именно суффиксом -енцев, который в русской ономастике встречается нечасто и почти всегда указывает на конкретную местность происхождения.