Фамилия Подлипенцев — довольно редкая, и её происхождение напрямую связано с местом жительства или родом занятий предка. В основе лежит слово «подлипа», которое в русских говорах имело два основных значения. Первое — это прозвище навязчивого, льстивого человека, который «подлипает» к другим. Второе, более прозаичное — так называли человека, жившего у липы или у липовой рощи, то есть «под липой». Суффикс -енц- указывает на принадлежность: Подлипенцев — сын Подлипенца, где Подлипенец — житель местности под липами или носитель прозвища Подлипа.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Обычно фамилии с суффиксом -ов/-ев образуются от прозвищ на -а/-я (Подлипа → Подлипин, Подлипов). Но в случае с Подлипенцевым мы видим цепочку: основа «подлип» → суффикс -енец (указывает на жителя или выходца) → притяжательный суффикс -ев. То есть фамилия буквально значит «принадлежащий человеку из Подлип» или «сын Подлипенца». Такая модель характерна для южнорусских и украинских территорий, где активно использовался суффикс -ец для обозначения людей по месту жительства.

Если отталкиваться от географической привязки, то фамилия могла возникнуть в местности, где было село или урочище с названием Подлипное, Подлипки или Подлипа. В России и Украине немало деревень с корнем «лип-», и приставка «под-» указывает на расположение у липового леса. В этом случае предок был не просто жителем, а получил прозвище по названию своего хутора или деревни, и уже от этого прозвища образовалась фамилия.

Версия с прозвищем тоже имеет право на существование, но она менее вероятна. Прозвище Подлипа обычно давали человеку с определённым характером, и от него логичнее было бы ожидать фамилию Подлипин или Подлипов. Форма Подлипенец (а затем Подлипенцев) звучит как обозначение жителя, а не как прямая характеристика. Поэтому основной версией остаётся топонимическая: предок происходил из места, называвшегося Подлипы или Подлипное.

Сословная принадлежность носителей фамилии могла быть разной. В центральной России Подлипенцевы встречались среди крестьян и мещан, а на юге — среди казаков. Фамилия не относится к числу дворянских, но это не редкость для прозвищных фамилий, образованных от названий местности. Встречается она преимущественно в Курской, Белгородской и Воронежской областях, что подтверждает её южнорусские корни.