Фамилия Подлипенец почти наверняка связана с местом жительства предка. В её основе лежит прозвище Подлипенец, которое давали выходцу из села с названием Подлипное, Подлипово или Подлипское. Такие топонимы встречались на Руси повсеместно: их корень восходит к выражению «под липами», и так называли поселения, выросшие среди липового леска или рощи.

Из-за широкой распространённости этих сёл точно сказать, из какой именно местности пошёл род, невозможно. Однако есть и другой, более камерный вариант толкования. Прозвище Подлипенец могли закрепить и за человеком, чей дом стоял непосредственно под одной большой липой — такое дерево нередко служило ориентиром или отличительным знаком усадьбы.

Сама форма фамилии указывает на суффикс -ец, который в русской ономастике традиционно обозначал жителя определённой местности: «подлипенец» — тот, кто живёт под липами. Эта модель образования роднит фамилию с названиями жителей по географическому принципу, и в ней сохранилась живая связь с ландшафтом, окружавшим первых носителей фамилии.