Фамилия Подоляник образована от географического названия — Подолье или Подолия. Это историческая область на юго-западе Украины, охватывающая современные Винницкую, Хмельницкую и частично Тернопольскую области. В основе названия лежит слово «дол» — низменность, долина. Подольем называли земли, расположенные в низине, вдоль рек. Человек, переселившийся оттуда или родившийся в тех краях, получал прозвище Подолян, Подоляк, а его потомки — фамилию Подоляник.

Суффикс -ик в этой фамилии указывает на принадлежность: Подоляник — «сын подолянина» или «житель Подолья». Такая модель характерна для украинской и южнорусской ономастики, где -ик часто заменяет русское -ов. Сравните: москвич — москвичов, но и москвичов — москвичёв. В польском варианте фамилия могла бы звучать как Podolnik.

Интересно, что Подоляник — не единственная фамилия от этого корня. Есть Подолян, Подоляк, Подольский, Подольцев. Но именно форма с суффиксом -ик встречается реже и почти всегда указывает на конкретный регион происхождения — западные области Украины или приграничные районы Молдовы, куда подоляне переселялись в XVIII–XIX веках. Написание с буквой «я» (Подоляник, а не Подолник) сохраняет смягчение, свойственное украинскому произношению.

Встречается и версия, что фамилия могла произойти от прозвища, связанного с ремеслом: в некоторых говорах «подоляником» называли крестьянина, обрабатывающего землю в низине, у реки. Но это лишь частное уточнение, а не альтернатива основному объяснению. Фамилия не относится к дворянским — её носители были в основном крестьянами и мещанами Подольской губернии.