Фамилия Подрезенко — один из примеров того, как в русской ономастике украинский суффикс -енко наслаивается на прозвище, связанное с действием или инструментом. Основа здесь — «подрез» или «подрезать». В отличие от более распространённых русских фамилий на -ов, модель на -енко указывает на южное, украинское происхождение: так в XVI–XVII веках оформлялись фамилии казацкой старшины, ремесленников и крестьян.

Что могло лежать в основе? Первая и самая вероятная версия — профессиональное прозвище. «Подрезом» или «Подрезой» на Руси называли того, кто занимался резьбой по дереву, кожевенным делом или, например, подрезал сады (виноградники, фруктовые деревья). В южных регионах, где было развито садоводство, такое прозвище было бы уместно. Вторая версия — географическая: в славянских говорах «подрез» означал не только действие, но и топографический объект — крутой обрыв, подмытый водой берег, овраг. Человек, живший у такого места, мог получить прозвище Подреза, а его потомки — фамилию Подрезенко.

Менее вероятна, но возможна связь с именем или прозвищем, данным по характеру: «подрезать» в переносном смысле — подсекать, мешать, вредить. Однако в фамилиях чаще закреплялись нейтральные или ремесленные прозвища.

С точки зрения словообразования, фамилия чёткая: корень «подрез-» (от глагола «резать» с приставкой «под-»), суффикс -енко (уменьшительно-патронимический, характерный для Левобережной Украины и юга России). Встречаются однокоренные фамилии: Подрезов (русский вариант), Подрез, Подрезун, Подрезан. Подрезенко — одна из тех фамилий, где прозвище отчётливо сохраняет связь с занятием предка, а не с именем или внешностью.

В дореволюционных переписях Подрезенко чаще всего фиксировались в Полтавской, Черниговской и Харьковской губерниях, а также на Кубани, куда переселялись казаки. Сейчас носители фамилии живут по всей России и Украине, но наибольшая концентрация сохраняется в южных регионах.