Фамилия Подсекаева — женская форма от Подсекаев, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Подсекай. Основа здесь — глагол «подсекать». В русских говорах «подсека» — это расчищенный под пашню участок леса, где деревья сначала подрубали (подсекали), давали им высохнуть и сжигали. Такая система земледелия, подсечно-огневая, была распространена на севере и северо-востоке Руси вплоть до XIX века.

Фамилия Подсекаев, скорее всего, относится к категории «профессиональных» прозвищ по занятию. Подсекаем называли крестьянина, который занимался расчисткой леса под пашню, то есть вёл подсеку. Это тяжёлый и специфический труд, требовавший не только силы, но и знания лесного дела. Менее вероятна, но возможна версия от другого значения слова «подсекать» — например, делать зарубки на деревьях (для сбора смолы или как метки) или же «подсекать» рыбу (ударом остроги). Однако земледельческий корень выглядит убедительнее: фамилия явно уходит в крестьянскую среду северных и центральных губерний России.

Суффикс -ев (а не -ов) указывает на то, что основа прозвища оканчивалась на мягкий согласный или -й: Подсёкай, Подсекай. Буква «ё» в корне (если она есть) — явление фонетическое, характерное для говоров, где под ударением произносили «о» после шипящих и мягких согласных. На письме её часто заменяли на «е», поэтому написание «Подсекаев» стало нормой.

Встречается фамилия нечасто, преимущественно в Поволжье и на Урале — регионах, куда в XVII–XVIII веках активно переселялись крестьяне из центральных и северных областей. Среди носителей фамилии нет громких исторических фигур, что только подтверждает её народное, трудовое происхождение: предки Подсекаевых осваивали новые земли, вырубая лес под пашню.