Фамилия Подсекалина — женская форма, а мужская, Подсекалин, образована от прозвища или мирского имени. В её основе лежит глагол «подсекать». В русских говорах слово «подсека» имело несколько значений. Самое распространённое — участок леса, вырубленный под пашню, или сама подсека (подсечное земледелие). Человека, который рубил лес под пашню, занимался подсекой, могли прозвать Подсека. Такая практика была особенно распространена на севере и северо-востоке Руси, где подсечное земледелие держалось дольше всего. Фамилия, скорее всего, зародилась именно в тех краях.

Вторая версия, менее вероятная, но тоже допустимая, — от прозвища по занятию рыболовством. «Подсекать» — значит резко дёргать удочку при поклёвке. Искусного рыбака, который умел вовремя подсечь, могли окрестить Подсекой. Однако в этом случае фамилия встречалась бы заметно реже, чем в регионах с подсечным земледелием.

Модель образования проста: к основе Подсека добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Подсеки). Это типичный патроним (или матроним) от прозвища, а не от крестильного имени. Похожие фамилии — Подсекин, Подсеков. Форма Подсекалин встречается реже: суффикс -лин мог появиться из-за диалектного произношения или как вариант от прозвища Подсекала (тот, кто постоянно подсекает). В любом случае, предок носителя фамилии был человеком, связанным с рубкой леса или, что реже, с рыбной ловлей.

Встречаемость фамилии невысокая. В современных базах она фиксируется в основном в центральных и северных областях России, что косвенно подтверждает версию о подсечном земледелии. Среди известных носителей фамилии нет громких исторических фигур, поэтому реконструировать её историю можно только по лингвистическим и географическим данным.